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Stanford年度跨学科生物计算研讨会，1月夏威夷举行

计算生物学顶级学术会议，侧重算法与计算方法创新

教育部学术论文免费快速发布平台，中国预印本先行者

全球最具影响力的生物技术行业媒体，1981年创刊

专注CRISPR基因编辑的同行评审学术期刊

UIUC分子动力学可视化和分析软件，含Tachyon光线追踪渲染

RCSB PDB/PDBe联合开发的大分子3D查看器，WebGL高性能渲染

系统生物学先驱研究机构

分子生物学历史名所与会议中心

欧洲最重要分子生物学研究机构

GA4GH工作流与工具共享平台

生物标识符统一解析服务

FAIR数据标准与数据库注册库

生物信息学软件工具注册目录

Snakemake标准化流程目录

EMBL-EBI新物种基因组注释快速发布平台

Bioconductor贝叶斯单细胞双聚类分析包

Bioconductor RNA-seq一键自动化分析报告生成包

Bioconductor基于ggplot2的系统发育树可视化包

Bioconductor系统发育树多格式I/O与tidy数据接口

Bioconductor系统发育树操作与层级数据聚合包

瑞典SciLifeLab国家生命科学数据共享平台

Monash RNA-seq一键自动化分析流程

NHGRI基因组学安全云分析平台AnVIL

生物学实验报告最小信息规范注册门户

NCBI GEO数据差异表达在线分析工具

EMBL-EBI全球最大质谱蛋白质组学数据存储库

贝叶斯多组学因子分析整合降维工具

Bioconductor ORCID身份认证R语言接口包

Bioconductor 5000+实验数据集统一R语言访问平台

全球分子POCT领导者，GeneXpert系统安装量最大

法国微生物诊断领导者，FilmArray/VITEK/BacT-ALERT三大系统

全球领先医疗技术公司，IVD/影像/实验室自动化全覆盖

全球前三IVD公司，Alinity/i-STAT/ID Now三大诊断平台

Nextflow企业级工作流编排平台，支持多云/集群管道管理

Benchling平台CRISPR设计模块，gRNA设计和实验追踪一体化

Biognosys专业DIA蛋白质组学商业软件，支持directDIA模式

GxP合规流式分析软件，21 CFR Part 11，适合临床和制药QC

云端流式/质谱流式分析平台，FlowSOM和viSNE高维可视化

BD旗下流式细胞术分析软件，安装量最大，.wsp为行业标准格式

QIAGEN旗舰NGS分析商业软件，图形化工作流无代码分析

Zuckerberg/Chan生物医学慈善基金，核心方向：单细胞/神经/开放科学

中国国家级博士后科研资助，面上/特别/博新计划三类基金

欧洲最大科研职位平台，覆盖学术和产业界各学科岗位

盖茨基金会全球卫生项目，累计770亿美元捐赠的核心方向

EBCC泛欧洲30+国家常见鸟类种群趋势监测

NSF资助1.5亿+自然历史标本数字化数据门户

欧洲分类学设施联盟，5亿+标本数字化协调

挪威生态数据整合与开放科学网络

IUCN物种恢复与保护影响量化评估框架

全球协作对全部真核生物测序的宏伟计划

加拿大蝴蝶物候与分布公民科学监测平台

iNaturalist澳大利亚节点，集成本土分类学数据

iNaturalist加拿大节点，本土化物种观测平台

欧盟14000+外来入侵物种信息系统

互联网最古老的生命之树协作式项目

澳大利亚1亿+物种出现国家生物多样性平台

北美7万+物种与生态群落保护状态评估数据库

ZSL进化独特濒危物种保护优先评估项目

全球33000+水生物种计算机生成分布图系统

Pinello实验室CRISPR筛选端到端数据分析流水线

Broad研究所CRISPR/RNAi筛选文库设计与分析门户

Pinello实验室CRISPR编辑效率NGS数据分析工具

Broad Institute深度学习剪接变异在线预测

计算机辅助基因治疗载体工程化设计平台

基因治疗病毒载体设计与应用资源数据库

面向基因组学的自动化机器学习平台

免费在线密码子适应指数计算与优化工具

自动化基因合成寡核苷酸设计工具

一站式载体设计与基因构建服务平台

Benchling结构化生物学电子实验记录模块

端到端DNA序列设计与克隆规划云平台

GenScript免费在线密码子优化工具

NEB Gibson组装引物设计与克隆规划工具

全球最大非营利CRISPR质粒共享库

中国观鸟记录中心公民科学平台，汇集数十万鸟类分布记录

EMBL-EBI非编码RNA家族数据库，4000+家族含协方差模型

miRNA序列和注释权威数据库，提供标准化miRNA命名

MRC-IEU GWAS摘要统计数据库，4万+研究含MR分析API

罗马大学实验验证蛋白质互作数据库，IMEx联盟成员

欧洲开源质谱参考数据库，高分辨率代谢物MS/MS谱图

EMBL-EBI单细胞基因表达图谱，多物种统一细胞类型注释

公开生物图像数据存储库，含1400万+图像和FAIR数据原则

Theis Lab单细胞动力学工具，马尔可夫链模型预测细胞命运

Broad Institute大规模基因组分析框架，基于Spark，UKB GWAS基础设施

Intel/Broad高性能基因组变异存储系统，GATK4默认gVCF合并后端

开源多组学机器学习平台，交互式生物标志物发现工具

Ensembl变异功能注释工具，最广泛使用的变异注释软件

R交互式流式细胞术分析包，开源免费的FlowJo替代方案

TCGA肿瘤免疫组学数据库，含TCR/BCR/新抗原/TIL数据

Lehigh大学MD模拟系统构建Web平台

Sandia大规模并行分子动力学模拟器

BioExcel高性能GROMACS优化版本

蛋白质结合口袋可药性(druggability)预测工具

蛋白质结构检索与药物设计导向比较分析平台

TM-score蛋白质结构相似性评分在线服务

Python高效MD轨迹分析库

D.E. Shaw高性能分子动力学模拟引擎

哈佛大学经典分子动力学模拟程序与力场

GPU加速的Python分子动力学引擎

EBI蛋白质-配体2D相互作用图自动生成工具

基于Voronoi镶嵌的蛋白质结合口袋检测工具

自动化蛋白质-配体非共价相互作用分析工具

2亿+AlphaFold结构预测聚类数据库

张阳实验室基于TM-score的蛋白质结构比对工具

计算机辅助分子结构分析平台

蛋白质折叠转换（变形蛋白）数据库

图神经网络蛋白质-蛋白质相互作用预测工具

蛋白质优化进化Transformer工程应用模型

结合序列设计与蛋白质热稳定性预测的深度学习工具

DeepMind长距离基因表达调控预测模型

Rost实验室蛋白质功能综合预测在线服务器

BIOVIA科学数据分析与工作流自动化平台

分子机器学习标准基准测试套件

KAUST蛋白质Transformer语言模型集合

基于扩散模型的抗体CDR环生成设计工具

Stability AI蛋白质生成扩散模型研究项目

探索端到端蛋白质结构预测架构改进

DeepMind更新版蛋白质复合物预测模型

超快蛋白质结构搜索与比对引擎

IUPHAR药理学靶点与配体定量数据库

北大泛癌基因表达交互式分析Web服务器

斯坦福大学非编码遗传变异调控功能注释数据库

多数据集癌症药物敏感性统一整合数据库

Broad研究所泛癌显著突变基因与频率门户

MSKCC 3D聚类癌症热点突变数据库

溶瘤病毒免疫治疗研究资源数据库

MSKCC 505基因癌症临床靶向测序组合

实体瘤综合生物标志物快速探索Web应用

TCGA 33癌种11000+样本泛癌多组学图谱

AACR 100万+肿瘤临床测序基因组学数据共享项目

Sanger研究所致癌基因系统目录

Sanger研究所324个癌细胞系全基因组CRISPR筛选

港大肿瘤-免疫互作多源整合数据库

致癌蛋白质-蛋白质相互作用数据库

酵母合成生物学标准化构建与基因组工程平台

商业化合成生物学端到端设计与管理平台

面向合成生物学的高通量DNA自动化组装服务

自动化位点特异性重组酶系统计算设计工具

全球首个合成生物学标准化自动化生产设施

CRISPR全基因组功能筛选标准化分析平台

合成生物学多细胞系统涌现行为模拟工具

合成生物学计算机辅助设计自动化框架

Python灵活的DNA序列多约束优化工具

合成生物学DBTL循环全流程数字化管理平台

SBML标准生化网络可视化建模与仿真工具

NEB全线DNA组装产品，Gibson/Golden Gate方案

基因调控网络建模工具，支持振荡器与传感器设计

BioBrick部件综合数据库与分析平台

集成基因回路设计与模拟环境，iBioSim后端

抗体CDR多编号系统在线分析与构象分类

全球抗体唯一标识符RRID注册系统

抗体序列公共数据库与大规模挖掘平台

牛津大学SARS-CoV-2抗体序列结构与功能数据库

牛津大学治疗性抗体3D结构临床信息数据库

UCL整合抗体序列与结构分析数据库

独立抗体验证数据库与供应商比较平台

T细胞受体序列距离度量与聚类工具

NGS数据HLA I类高精度分型工具，99%+准确率

全球最大HLA等位基因频率数据库，覆盖1000+人群

IEDB B细胞构象表位预测工具

CTL表位综合预测工具，整合MHC结合+蛋白酶体+TAP

开源MHC I类肽结合预测工具

个性化肿瘤疫苗新抗原排名工具

纳米抗体/单域抗体专业数据库

MPI-EVA古蛋白质组学方法与数据资源

高效ABBA-BABA基因渗入检测与f4比率分析工具

基于溯祖理论的物种树推断标准工具

利用多基因组数据的高分辨率种群历史推断工具

PSMC升级版，高分辨率有效种群历史推断工具

哈佛Reich实验室古基因组数据与分析工具

MPI-EVA古DNA研究方法与工具资源页

单倍型定相与网络构建集成工具，5种重建方法

系统发育不变量杂交检测方法，识别杂交谱系

全基因组SNP群体系统发育树快速构建工具

交互式SNP群体遗传学R/Shiny平台，AI辅助报告

PAML贝叶斯分子钟定年程序，化石校准分歧时间

群体结构分析最大似然法软件，STRUCTURE加速替代

群体遗传学经典程序，HW平衡与LD检验

DNA序列多态性分析专用软件，群体遗传学经典

基于转录特征的细胞身份快速鉴定工具

NanoString空间多组学数字空间分析平台

Thermo Fisher磁珠细胞分离系列产品

细胞形态学定量分析与表型筛选平台

基于元胞Potts模型的多细胞组织模拟平台

MCell细胞反应扩散3D可视化模拟前端

单细胞RNA-seq分析方法基准测试数据与工具包

高参数流式细胞术数据科学社区

原代细胞与专业化培养基重要供应商

全球最大细胞培养试剂与Gibco品牌供应商

细胞系数字身份注册与可追溯性管理平台

专注人源原代细胞的欧洲供应商，超1200种细胞类型

全光谱流式细胞仪，支持超40参数同时检测

BD紧凑型流式细胞仪，操作简便性价比高

细胞活力与报告基因检测试剂领导品牌

开放全脑网络模拟与个体化神经动力学平台

开源Python实时BCI信号处理框架

神经电磁数据在线分析与共享门户

ALS遗传与临床在线数据库，收录基因变异信息

ALS多组学数据门户，加速药物靶点发现

亨廷顿病综合数据平台，整合多组学研究数据

实时多模态数据同步基础设施，BCI实验核心

Python电生理数据分析工具包，脉冲列车分析利器

神经科学模型标准化描述语言与生态

经典多室神经元模拟器，计算神经科学核心工具

Python脉冲神经网络模拟器，公式化建模直观高效

BRAIN Initiative神经生理数据公共存档库

全球最大脑影像遗传学荟萃分析联盟

开放获取脑影像数据集，最大AD纵向MRI数据集之一

帕金森病多组学数据云端分析平台

CrossRef免费DOI/元数据API，学术文献基础设施接口

Semantic Scholar免费学术API，文献数据程序化访问

争议性学术文献免费获取平台，版权风险需注意

德国学术搜索引擎，3亿+文档开放获取跨库检索

开放发表后评审平台，快速透明生命科学出版

OpenAIRE

文献检索与学术资源

欧盟开放科学基础设施，文献/数据/软件聚合平台

AfricArXiv

文献检索与学术资源

非洲多学科预印本平台，促进南半球研究成果共享

印度多学科预印本平台，南亚地区研究快速共享

SocArXiv

文献检索与学术资源

社会科学预印本平台，OSF健康社会学与公卫政策

心理学/认知科学预印本平台，OSF运营神经科学相关

CiteAb

文献检索与学术资源

抗体引用数据搜索引擎，文献引用排名试剂选择

AI抗体搜索平台，文献验证试剂选择辅助

Sigma-Aldrich Protocols

文献检索与学术资源

Merck实验方案数据库，试剂关联的标准操作流程

非营利质粒共享库，10万+载体与CRISPR质粒分发

ICGC Data Portal

文献检索与学术资源

国际癌症基因组联盟数据门户，70+项目癌症多维组学

Python InParanoid泛基因组同源群识别工具

精化原核泛基因组构建与质控流程

PAN-genome Viz

微生物组与宏基因组

分区泛基因组图构建与可视化工具

MAGpurify

微生物组与宏基因组

MAG分类污染识别与纯化工具

CoverM

微生物组与宏基因组

快速MAG相对丰度与覆盖度计算工具

GUNC

微生物组与宏基因组

基因组非一致嵌合体MAG质量检测工具

dRep

微生物组与宏基因组

基于ANI的微生物MAG去冗余与代表性选择工具

MAG完整性与污染度质量评估工具

QIIME2机器学习样本表型分类插件

biobakery_workflows

微生物组与宏基因组

BioBakery端到端微生物组分析一站式流水线

Kaiju

微生物组与宏基因组

蛋白级翻译搜索快速宏基因组分类工具

基于FM-index的低内存宏基因组分类工具

基于唯一k-mer匹配的高精度宏基因组分类工具

GTD2b

微生物组与宏基因组

细菌古菌基因组标准分类数据库GTDB

Mgnify AMR

微生物组与宏基因组

MGnify宏基因组抗微生物抗性基因分析

香蕉基因组社区中心与泛基因组数据

Noble基金会速生林木基因组数据库

柑橘基因组与遗传变异数据库

植物顺式调控元件与启动子数据库

PlantTFDB 4.0

植物与农业基因组

植物转录因子数据库v4.0超180物种

水稻基因组自动化注释与功能预测系统

基于BrAPI标准的育种数据管理与试验设计平台

Flapjack

植物与农业基因组

植物育种基因型与表型数据可视化软件

R语言GWAS关联分析与基因组预测集成包

经典植物GWAS关联分析与混合线性模型软件

麦类基因组信息门户

CoolSeasonFoodLegumesDB

植物与农业基因组

冷季食用豆类基因组与遗传数据库

DOE JGI植物比较基因组门户

林木基因组与森林遗传数据库

棉花基因组与遗传标记数据库