💡 D-suite 是什么?

站点概述

D-suite是ABBA-BABA统计(D统计)和f4比率分析的高效计算工具,用于检测物种间的基因渗入(introgression)信号。该工具从VCF文件快速计算D统计、f4比率和fd等基因渗入指标,支持基因组扫描和窗口化分析。D-suite特别优化了计算性能,可在数分钟内处理全基因组尺度的数据集。该工具还提供f-branch方法,将基因渗入信号分配到物种树的具体分支上,为理解网状进化事件提供了定量的分析框架。

官网与访问

官方网址:https://github.com/millanek/D-suite。访问前请确认链接有效,并注意甄别仿冒站点。

分类归属

所属一级分类:进化与系统发育;二级方向:系统发育软件。资源类型:资源。

主要标签

D-suiteABBA-BABA基因渗入D统计群体历史

主要用途

用于「进化与系统发育 · 系统发育软件」方向的科研查询、工具调用与资源获取,辅助生物学科研、教学与产业应用。

适用人群

生命科学领域的科研人员、高校师生(本科/硕士/博士)、生物信息分析师、医药与农业研发人员、以及生物爱好者与科普创作者。

使用建议

建议优先访问官方网站或机构页面,注意核对域名与版本;对需要账号/权限的资源,优先使用所在机构已采购的数据库权限,并遵守数据使用协议与引用规范。

同类推荐

同属「进化与系统发育 · 系统发育软件」的其它收录:

小结

D-suite 已纳入生物导航站的「进化与系统发育 · 系统发育软件」分类,结合上方概述、用途与建议,可帮助你在生物学科研与学习中更快找到权威、可靠的资源入口。

📢特别声明

本站提供的信息都来源于网络,不保证外部链接的准确性和完整性,同时,对于该外部链接的指向,不由本站实际控制,内容如出现违规,可以直接联系网站管理员进行删除。

致力于优质、实用的网络站点资源收集与分享!

本文地址:https://biology.icgrh.com/tool/bio-145444

直达官方网站

点击下方按钮,立即访问 D-suite 的官方站点

访问官网

相关工具 20

A
ASTRAL
bio-l2-12-5

基于溯祖理论的物种树推断标准工具

B
Brevini et al. ancient protein database
bio-l2-12-4

MPI-EVA古蛋白质组学方法与数据资源

S
SMC++
bio-l2-12-6

利用多基因组数据的高分辨率种群历史推断工具

R
Reich Lab Ancient DNA
bio-l2-12-4

哈佛Reich实验室古基因组数据与分析工具

G
GENEPOP
bio-l2-12-3

群体遗传学经典程序,HW平衡与LD检验

V
VCF2PopTree
bio-l2-12-3

全基因组SNP群体系统发育树快速构建工具

A
ADMIXTURE
bio-l2-12-3

群体结构分析最大似然法软件,STRUCTURE加速替代

M
MCMCTree
bio-l2-12-3

PAML贝叶斯分子钟定年程序,化石校准分歧时间

A
AADR
bio-l2-12-3

全球古人类DNA数据精选汇编,100万+ SNP位点

B
BEAST2
bio-l2-12-2

贝叶斯分子钟与时空系统发育建树软件

B
BoxShade
bio-l2-12-1

多序列比对着色与出版级格式工具

ModelTest-NG
ModelTest-NG
bio-l2-12-2

核苷酸与氨基酸进化模型选择工具

T
TreeGraph 2
bio-l2-12-1

合并多源系统发育证据可视化软件

M
MSMC (Multiple Sequentially Markovian Coalescent)
bio-l2-12-6

PSMC升级版,高分辨率有效种群历史推断工具

A
ANCIENT DNA Resource
bio-l2-12-4

MPI-EVA古DNA研究方法与工具资源页

A
Arlequin
bio-l2-12-3

群体遗传学经典分析软件,AMOVA与F统计

D
DNAsp
bio-l2-12-3

DNA序列多态性分析专用软件,群体遗传学经典

a
aYChr-DB
bio-l2-12-3

古代人类Y染色体单倍群数据库,1797条记录

A
AmtDB
bio-l2-12-3

古代人类线粒体DNA数据库

H
HyDe
bio-l2-12-3

系统发育不变量杂交检测方法,识别杂交谱系

💬 用户评论

💬
暂无评论

快来发表第一条评论吧!

🏷️ 标签

D-suiteABBA-BABA基因渗入D统计群体历史