进化与系统发育（66 个工具）
S
SMC++
进化与系统发育
利用多基因组数据的高分辨率种群历史推断工具
M
MSMC (Multiple Sequentially Markovian Coalescent)
进化与系统发育
PSMC升级版，高分辨率有效种群历史推断工具
D
D-suite
进化与系统发育
高效ABBA-BABA基因渗入检测与f4比率分析工具
A
ASTRAL
进化与系统发育
基于溯祖理论的物种树推断标准工具
B
Brevini et al. ancient protein database
进化与系统发育
MPI-EVA古蛋白质组学方法与数据资源
R
Reich Lab Ancient DNA
进化与系统发育
哈佛Reich实验室古基因组数据与分析工具
A
ANCIENT DNA Resource
进化与系统发育
MPI-EVA古DNA研究方法与工具资源页
A
Arlequin
进化与系统发育
群体遗传学经典分析软件，AMOVA与F统计
S
ShiNyP
进化与系统发育
交互式SNP群体遗传学R/Shiny平台，AI辅助报告
M
MCMCTree
进化与系统发育
PAML贝叶斯分子钟定年程序，化石校准分歧时间
A
ADMIXTURE
进化与系统发育
群体结构分析最大似然法软件，STRUCTURE加速替代
G
GENEPOP
进化与系统发育
群体遗传学经典程序，HW平衡与LD检验
D
DNAsp
进化与系统发育
DNA序列多态性分析专用软件，群体遗传学经典
a
aYChr-DB
进化与系统发育
古代人类Y染色体单倍群数据库，1797条记录
A
AmtDB
进化与系统发育
古代人类线粒体DNA数据库
A
AADR
进化与系统发育
全球古人类DNA数据精选汇编，100万+ SNP位点
V
VCF2PopTree
进化与系统发育
全基因组SNP群体系统发育树快速构建工具
H
HyDe
进化与系统发育
系统发育不变量杂交检测方法，识别杂交谱系
H
Hapsolutely
进化与系统发育
单倍型定相与网络构建集成工具，5种重建方法
Nextstrain
进化与系统发育
病原体实时演化追踪与交互式可视化平台
c
codeml
进化与系统发育
密码子模型选择压力分析标准工具
timetree
进化与系统发育
分子定年物种分化时间综合查询工具
OneZoom
进化与系统发育
分形交互式超200万物种生命之树浏览器
Auspic2e
进化与系统发育
Nextstrain交互式系统发育Web可视化组件
T
TreeOfLife web
进化与系统发育
生命之树生物分类学与系统发育Web项目
a
ape
进化与系统发育
R语言系统发育与进化分析核心包
T
TreeGraph2
进化与系统发育
多证据系统发育树比较与出版级编辑软件
P
PhyloCanvas
进化与系统发育
JavaScript交互式系统发育树Web可视化库
g
ggtree
进化与系统发育
基于ggplot2的R系统发育树可视化包
I
IQ-TREE 2
进化与系统发育
高效最大似然系统发育建树与模型选择软件