📁进化与系统发育(66 个工具)
B
Brevini et al. ancient protein database
古DNA资源
MPI-EVA古蛋白质组学方法与数据资源
S
SMC++
分子钟工具
利用多基因组数据的高分辨率种群历史推断工具
M
MSMC (Multiple Sequentially Markovian Coalescent)
分子钟工具
PSMC升级版,高分辨率有效种群历史推断工具
D
D-suite
系统发育软件
高效ABBA-BABA基因渗入检测与f4比率分析工具
A
ASTRAL
系统发育软件
基于溯祖理论的物种树推断标准工具
R
Reich Lab Ancient DNA
古DNA资源
哈佛Reich实验室古基因组数据与分析工具
A
ANCIENT DNA Resource
古DNA资源
MPI-EVA古DNA研究方法与工具资源页
H
Hapsolutely
系统发育与群体遗传工具
单倍型定相与网络构建集成工具,5种重建方法
H
HyDe
系统发育与群体遗传工具
系统发育不变量杂交检测方法,识别杂交谱系
V
VCF2PopTree
系统发育与群体遗传工具
全基因组SNP群体系统发育树快速构建工具
S
ShiNyP
系统发育与群体遗传工具
交互式SNP群体遗传学R/Shiny平台,AI辅助报告
M
MCMCTree
系统发育与群体遗传工具
PAML贝叶斯分子钟定年程序,化石校准分歧时间
A
ADMIXTURE
系统发育与群体遗传工具
群体结构分析最大似然法软件,STRUCTURE加速替代
G
GENEPOP
系统发育与群体遗传工具
群体遗传学经典程序,HW平衡与LD检验
D
DNAsp
系统发育与群体遗传工具
DNA序列多态性分析专用软件,群体遗传学经典
A
Arlequin
系统发育与群体遗传工具
群体遗传学经典分析软件,AMOVA与F统计
a
aYChr-DB
系统发育与群体遗传工具
古代人类Y染色体单倍群数据库,1797条记录
A
AmtDB
系统发育与群体遗传工具
古代人类线粒体DNA数据库
A
AADR
系统发育与群体遗传工具
全球古人类DNA数据精选汇编,100万+ SNP位点
timetree
系统发育可视化
分子定年物种分化时间综合查询工具
OneZoom
系统发育可视化
分形交互式超200万物种生命之树浏览器
T
TreeOfLife web
系统发育可视化
生命之树生物分类学与系统发育Web项目
Auspic2e
系统发育可视化
Nextstrain交互式系统发育Web可视化组件
Nextstrain
系统发育可视化
病原体实时演化追踪与交互式可视化平台
c
codeml
系统发育构建
密码子模型选择压力分析标准工具
B
BoxShade
系统发育可视化
多序列比对着色与出版级格式工具
J
Jalview
系统发育可视化
多序列比对编辑与注释可视化桌面应用
A
AliStat
系统发育可视化
多序列比对统计与质量评估可视化工具
TrimAl
系统发育可视化
多序列比对间隙修剪与系统发育信号优化工具
ModelTest-NG
系统发育构建
核苷酸与氨基酸进化模型选择工具