CellRank

站点概述

CellRank是由Theis Lab开发的单细胞动力学分析工具，将RNA速度、转录相似性和其他先验信息整合为马尔可夫链模型，推断细胞的命运方向和状态转变概率。CellRank的核心创新在于结合了方向性信息（RNA速度）和全局相似性信息，克服了RNA速度仅考虑局部邻域的局限性。CellRank可识别初始状态、终末状态和中间过渡状态，计算每个细胞向各终末状态的转移概率，并识别驱动命运决定的基因。CellRank 2进一步支持多模态数据（RNA+ATAC+蛋白）和空间转录组学信息。该Python包与Scanpy生态兼容。

官网与访问

官方网址：https://cellrank.readthedocs.io/。访问前请确认链接有效，并注意甄别仿冒站点。

分类归属

所属一级分类：学习资源与社区；二级方向：开源项目与GitHub仓库。资源类型：资源。

主要标签

细胞动力学、轨迹推断、命运预测、RNA速率、马尔可夫链

主要用途

用于「学习资源与社区 · 开源项目与GitHub仓库」方向的科研查询、工具调用与资源获取，辅助生物学科研、教学与产业应用。

适用人群

生命科学领域的科研人员、高校师生（本科/硕士/博士）、生物信息分析师、医药与农业研发人员、以及生物爱好者与科普创作者。

使用建议

建议优先访问官方网站或机构页面，注意核对域名与版本；对需要账号/权限的资源，优先使用所在机构已采购的数据库权限，并遵守数据使用协议与引用规范。

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小结

CellRank 已纳入生物导航站的「学习资源与社区 · 开源项目与GitHub仓库」分类，结合上方概述、用途与建议，可帮助你在生物学科研与学习中更快找到权威、可靠的资源入口。