GROMACS

站点概述

GROMACS（GROningen MAchine for Chemical Simulations）是目前最广泛使用的开源分子动力学（MD）模拟软件包，最初由格罗宁根大学开发，现由全球社区维护。GROMACS支持全原子和粗粒化模拟，可模拟蛋白质、脂质、核酸和碳水化合物的动力学行为。GROMACS以其极致的性能优化著称——在GPU上的模拟速度可达纳秒/天级别，支持多GPU并行计算。核心功能包括能量最小化、NVT/NPT系综MD、自由能微扰（FEP）、伞形采样和元动力学等增强采样方法。GROMACS采用LGPL许可证开源发布，是药物设计、蛋白质工程和生物膜研究的核心计算工具。

官网与访问

官方网址：https://www.gromacs.org/。访问前请确认链接有效，并注意甄别仿冒站点。

分类归属

所属一级分类：学习资源与社区；二级方向：开源项目与GitHub仓库。资源类型：资源。

主要标签

分子动力学、MD模拟、生物分子、GPU加速、高性能计算

主要用途

用于「学习资源与社区 · 开源项目与GitHub仓库」方向的科研查询、工具调用与资源获取，辅助生物学科研、教学与产业应用。

适用人群

生命科学领域的科研人员、高校师生（本科/硕士/博士）、生物信息分析师、医药与农业研发人员、以及生物爱好者与科普创作者。

使用建议

建议优先访问官方网站或机构页面，注意核对域名与版本；对需要账号/权限的资源，优先使用所在机构已采购的数据库权限，并遵守数据使用协议与引用规范。

同类推荐

同属「学习资源与社区 · 开源项目与GitHub仓库」的其它收录：

• Bioconductor
• DESeq2
• edgeR
• nf-core
• fastp
• DeepLabCut

小结

GROMACS 已纳入生物导航站的「学习资源与社区 · 开源项目与GitHub仓库」分类，结合上方概述、用途与建议，可帮助你在生物学科研与学习中更快找到权威、可靠的资源入口。