FragPipe

站点概述

FragPipe是由密歇根大学Nesvizhskiy实验室开发的综合蛋白质组学分析管道，集成了MSFragger超快速肽段搜索引擎。FragPipe支持DDA和DIA数据的分析，涵盖蛋白鉴定、PTM定位、TMT/iTRAQ标记定量、label-free定量和DIA-NN集成等完整功能。MSFragger的碎片离子索引技术使搜索速度比传统引擎快100倍以上，支持开放搜索（open search）发现未知修饰。FragPipe集成了Philosopher后处理框架进行FDR控制和结果整合。该软件对学术用户免费，支持Windows和Linux平台，是MaxQuant之外另一个主流的蛋白质组学分析选择。

官网与访问

官方网址：https://fragpipe.nesvilab.org/。访问前请确认链接有效，并注意甄别仿冒站点。

分类归属

所属一级分类：学习资源与社区；二级方向：开源项目与GitHub仓库。资源类型：资源。

主要标签

蛋白质组学、质谱分析、MSFragger、PTM分析、开源管道

主要用途

用于「学习资源与社区 · 开源项目与GitHub仓库」方向的科研查询、工具调用与资源获取，辅助生物学科研、教学与产业应用。

适用人群

生命科学领域的科研人员、高校师生（本科/硕士/博士）、生物信息分析师、医药与农业研发人员、以及生物爱好者与科普创作者。

使用建议

建议优先访问官方网站或机构页面，注意核对域名与版本；对需要账号/权限的资源，优先使用所在机构已采购的数据库权限，并遵守数据使用协议与引用规范。

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小结

FragPipe 已纳入生物导航站的「学习资源与社区 · 开源项目与GitHub仓库」分类，结合上方概述、用途与建议，可帮助你在生物学科研与学习中更快找到权威、可靠的资源入口。