蛋白质与结构生物学(81 个工具)
A
Alphafold Protein TMScore Server
蛋白质与结构生物学
TM-score蛋白质结构相似性评分在线服务
G
GROMACS-Threads
蛋白质与结构生物学
BioExcel高性能GROMACS优化版本
L
LAMMPS for Biomolecular
蛋白质与结构生物学
Sandia大规模并行分子动力学模拟器
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PockDrug
蛋白质与结构生物学
蛋白质结合口袋可药性(druggability)预测工具
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ProteinShop
蛋白质与结构生物学
蛋白质结构检索与药物设计导向比较分析平台
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CHARMM-GUI
蛋白质与结构生物学
Lehigh大学MD模拟系统构建Web平台
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PHENIX
蛋白质与结构生物学
综合性晶体学结构精修与验证软件套件
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OpenMM
蛋白质与结构生物学
GPU加速的Python分子动力学引擎
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CHARMM
蛋白质与结构生物学
哈佛大学经典分子动力学模拟程序与力场
D
Desmond
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D.E. Shaw高性能分子动力学模拟引擎
M
MDTraj
蛋白质与结构生物学
Python高效MD轨迹分析库
P
PLIP (Protein-Ligand Interaction Profiler)
蛋白质与结构生物学
自动化蛋白质-配体非共价相互作用分析工具
L
LigPlot+
蛋白质与结构生物学
EBI蛋白质-配体2D相互作用图自动生成工具
D
DynaMut2
蛋白质与结构生物学
整合动力学分析的蛋白质突变效应预测服务器
D
DALI Server
蛋白质与结构生物学
蛋白质3D结构比对与折叠相似性搜索服务器
T
TM-align
蛋白质与结构生物学
张阳实验室基于TM-score的蛋白质结构比对工具
A
AFDB Cluster Database
蛋白质与结构生物学
2亿+AlphaFold结构预测聚类数据库
C
Coot
蛋白质与结构生物学
MRC-LMB晶体学模型构建与验证软件
F
Fpocket
蛋白质与结构生物学
基于Voronoi镶嵌的蛋白质结合口袋检测工具
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ProSA
蛋白质与结构生物学
蛋白质结构验证工具,Z-score模型质量评估标准
MolProbity
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Duke蛋白质立体化学验证工具,Ramachandran质控标准
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ColabFold
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AlphaFold2在线优化版,Google Colab免费蛋白质结构预测
CAZy
蛋白质与结构生物学
碳水化合物活性酶数据库,糖代谢酶家族分类与注释
ESMFold
蛋白质与结构生物学
Meta AI蛋白质语言模型结构预测,无需MSA的快速折叠
I
I-TASSER
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密歇根大学线程法结构预测平台,结构+功能联合预测
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蛋白质与结构生物学
南开大学距离约束结构预测,残基间距离神经网络+Rosetta
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Helixon蛋白质语言模型预测,免MSA快速结构折叠
OpenFold
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AlphaFold2开源PyTorch复现,可训练可修改的代码基础
ProteinMPNN
蛋白质与结构生物学
Baker Lab蛋白质逆折叠序列设计,骨架条件MPNN序列生成
Swiss-Model
蛋白质与结构生物学
SIB自动化同源建模服务器,经典蛋白质模板建模平台