📁数据库与数据资源 / 开源项目与GitHub仓库（151 个工具）

Theis Lab单细胞动力学工具，马尔可夫链模型预测细胞命运

Broad Institute大规模基因组分析框架，基于Spark，UKB GWAS基础设施

Intel/Broad高性能基因组变异存储系统，GATK4默认gVCF合并后端

开源多组学机器学习平台，交互式生物标志物发现工具

Ensembl变异功能注释工具，最广泛使用的变异注释软件

R交互式流式细胞术分析包，开源免费的FlowJo替代方案

TCGA肿瘤免疫组学数据库，含TCR/BCR/新抗原/TIL数据

Baker Lab全原子版RFdiffusion，支持侧链级精确蛋白质设计

10x Genomics空间转录组分析软件，Visium/Visium HD全流程

Babraham NGS自动预处理工具，Cutadapt+FastQC封装器

Sanger研究所自动细胞类型注释工具，100+免疫细胞亚型模型

NIH k-mer组装质量评估工具，参考无关QV/完整性/错误率计算

犹他大学evidence-based基因组注释流程，整合多来源基因预测

国际人类表观基因组联盟，整合多国参考表观基因组数据

NIH综合脂质组学资源，47000+脂质结构和八大类分类系统

Broad Institute单细胞数据共享和可视化门户，HCA数据门户

莱顿大学基因特异性变异数据库系统，全球数百基因中心使用

MSKCC大规模单细胞分析工具，GPU加速，支持百万级细胞

NIH Roadmap多组织人类表观基因组图谱，100+组织ChromHMM注释

NHGRI功能基因组学大项目，9000+实验的表观基因组数据门户

CZI单细胞转录组发现和可视化平台，数百万细胞交互浏览

基因组注释序列特征标准词汇，GFF3格式的术语基础

基因本体论国际组织，450万+注释，三大本体标准词汇体系

马普所超快速序列搜索和聚类工具，ColabFold的MSA后端

McGill代谢组学统计分析在线平台，含通路富集和标志物分析

UCSD质谱分子网络平台，串联质谱可视化和天然产物发现

最广泛使用的开源代谢组学质谱数据处理软件，模块化工作流

基于深度学习的DIA蛋白质组学开源工具，支持无库快速分析

GitHub计算生物学精选列表，侧重AI/深度学习生物学应用

UIUC大规模并行分子动力学软件，支持超算和完整病毒模拟