AMBER

站点概述

AMBER（Assisted Model Building with Energy Refinement）是一套分子动力学模拟程序和力场，由加州大学旧金山分校Kollman课题组开发并持续维护。AMBER力场（ff14SB、ff19SB等）是蛋白质和核酸分子动力学模拟中最广泛使用的力场之一。AMBER软件套件包含sander/pmemd分子动力学引擎、tleap/xleap建模工具、MMPBSA.py自由能计算脚本和cpptraj轨迹分析工具等。pmemd支持GPU加速，在NVIDIA GPU上实现了极高的模拟效率。AMBER在药物-受体结合自由能计算（MM-PBSA/GBSA）方面有独特优势，是药物设计和结构生物学领域的重要计算工具。AMBER对学术用户提供优惠许可。

官网与访问

官方网址：https://ambermd.org/。访问前请确认链接有效，并注意甄别仿冒站点。

分类归属

所属一级分类：学习资源与社区；二级方向：开源项目与GitHub仓库。资源类型：资源。

主要标签

分子动力学、力场、AMBER力场、药物设计、生物模拟

主要用途

用于「学习资源与社区 · 开源项目与GitHub仓库」方向的科研查询、工具调用与资源获取，辅助生物学科研、教学与产业应用。

适用人群

生命科学领域的科研人员、高校师生（本科/硕士/博士）、生物信息分析师、医药与农业研发人员、以及生物爱好者与科普创作者。

使用建议

建议优先访问官方网站或机构页面，注意核对域名与版本；对需要账号/权限的资源，优先使用所在机构已采购的数据库权限，并遵守数据使用协议与引用规范。

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小结

AMBER 已纳入生物导航站的「学习资源与社区 · 开源项目与GitHub仓库」分类，结合上方概述、用途与建议，可帮助你在生物学科研与学习中更快找到权威、可靠的资源入口。