📁微生物组与宏基因组 / 微生物组分析(34 个工具)

P
PyParanoid
bio-l2-16-1

Python InParanoid泛基因组同源群识别工具

P
Panaroo
bio-l2-16-1

精化原核泛基因组构建与质控流程

PAN-genome Viz
PAN-genome Viz
bio-l2-16-1

分区泛基因组图构建与可视化工具

MAGpurify
MAGpurify
bio-l2-16-1

MAG分类污染识别与纯化工具

CoverM
CoverM
bio-l2-16-1

快速MAG相对丰度与覆盖度计算工具

GUNC
GUNC
bio-l2-16-1

基因组非一致嵌合体MAG质量检测工具

dRep
dRep
bio-l2-16-1

基于ANI的微生物MAG去冗余与代表性选择工具

C
CheckM
bio-l2-16-1

MAG完整性与污染度质量评估工具

W
Woltu
bio-l2-16-1

QIIME2机器学习样本表型分类插件

biobakery_workflows
biobakery_workflows
bio-l2-16-1

BioBakery端到端微生物组分析一站式流水线

Kaiju
Kaiju
bio-l2-16-1

蛋白级翻译搜索快速宏基因组分类工具

C
Centrifuge
bio-l2-16-1

基于FM-index的低内存宏基因组分类工具

K
KrakenUniq
bio-l2-16-1

基于唯一k-mer匹配的高精度宏基因组分类工具

B
BugBase
bio-l2-16-1

微生物组九种功能表型预测工具

Qurro
Qurro
bio-l2-16-1

微生物组日志比差异可视化工具

Songbird
Songbird
bio-l2-16-1

机器学习微生物组差异排名工具

MicrobiomeAnalyst2
MicrobiomeAnalyst2
bio-l2-16-1

用户友好微生物组统计与代谢组整合web平台

UniFrac
UniFrac
bio-l2-16-1

系统发育感知Beta多样性UniFrac距离工具

StrainPhlAn
StrainPhlAn
bio-l2-16-1

菌株级微生物系统发育与SNP分析工具

S
SparCC
bio-l2-16-1

组成型微生物组数据稀疏相关推断工具

S
STAMP
bio-l2-16-1

微生物组数据统计检验与可视化GUI工具

T
Tax4Fun2
bio-l2-16-1

栖息地特异性微生物功能预测工具

ALDEx2
ALDEx2
bio-l2-16-1

组成型微生物组数据差异丰度分析R包

K
Kraken2
bio-l2-16-1

基于k-mer的超快宏基因组序列分类器

H
HUMAnN
bio-l2-16-1

宏基因组功能注释与代谢通路定量工具

MetaPhlAn
MetaPhlAn
bio-l2-16-1

基于标记基因的宏基因组快速物种注释工具

p
phyloseq (R)
bio-l2-16-1

R语言微生物组数据导入与分析框架

vegan (R)
vegan (R)
bio-l2-16-1

R语言群落生态学与多样性分析核心包

MicrobiomeAnalyst
MicrobiomeAnalyst
bio-l2-16-1

免费在线微生物组综合分析平台

L
LEfSe
bio-l2-16-1

组间差异生物标志物发现与LDA分析工具