📁微生物组与宏基因组 / 微生物组分析(34 个工具)
P
PyParanoid
bio-l2-16-1
Python InParanoid泛基因组同源群识别工具
P
Panaroo
bio-l2-16-1
精化原核泛基因组构建与质控流程
PAN-genome Viz
bio-l2-16-1
分区泛基因组图构建与可视化工具
MAGpurify
bio-l2-16-1
MAG分类污染识别与纯化工具
CoverM
bio-l2-16-1
快速MAG相对丰度与覆盖度计算工具
GUNC
bio-l2-16-1
基因组非一致嵌合体MAG质量检测工具
dRep
bio-l2-16-1
基于ANI的微生物MAG去冗余与代表性选择工具
C
CheckM
bio-l2-16-1
MAG完整性与污染度质量评估工具
W
Woltu
bio-l2-16-1
QIIME2机器学习样本表型分类插件
biobakery_workflows
bio-l2-16-1
BioBakery端到端微生物组分析一站式流水线
Kaiju
bio-l2-16-1
蛋白级翻译搜索快速宏基因组分类工具
C
Centrifuge
bio-l2-16-1
基于FM-index的低内存宏基因组分类工具
K
KrakenUniq
bio-l2-16-1
基于唯一k-mer匹配的高精度宏基因组分类工具
B
BugBase
bio-l2-16-1
微生物组九种功能表型预测工具
Qurro
bio-l2-16-1
微生物组日志比差异可视化工具
Songbird
bio-l2-16-1
机器学习微生物组差异排名工具
MicrobiomeAnalyst2
bio-l2-16-1
用户友好微生物组统计与代谢组整合web平台
UniFrac
bio-l2-16-1
系统发育感知Beta多样性UniFrac距离工具
StrainPhlAn
bio-l2-16-1
菌株级微生物系统发育与SNP分析工具
S
SparCC
bio-l2-16-1
组成型微生物组数据稀疏相关推断工具
S
STAMP
bio-l2-16-1
微生物组数据统计检验与可视化GUI工具
T
Tax4Fun2
bio-l2-16-1
栖息地特异性微生物功能预测工具
ALDEx2
bio-l2-16-1
组成型微生物组数据差异丰度分析R包
K
Kraken2
bio-l2-16-1
基于k-mer的超快宏基因组序列分类器
H
HUMAnN
bio-l2-16-1
宏基因组功能注释与代谢通路定量工具
MetaPhlAn
bio-l2-16-1
基于标记基因的宏基因组快速物种注释工具
p
phyloseq (R)
bio-l2-16-1
R语言微生物组数据导入与分析框架
vegan (R)
bio-l2-16-1
R语言群落生态学与多样性分析核心包
MicrobiomeAnalyst
bio-l2-16-1
免费在线微生物组综合分析平台
L
LEfSe
bio-l2-16-1
组间差异生物标志物发现与LDA分析工具