生物信息学生物信息学 / 测序分析工具(27 个工具)

iDEP
iDEP
生物信息学

Shiny RNA-Seq在线分析,差异表达+富集一体化

FastTree
FastTree
生物信息学

快速近似最大似然系统发育树构建工具,千序列数分钟完成

B
Bowtie2
生物信息学

FM索引快速短读长比对工具,ChIP-Seq/RNA-Seq常用比对器

信息加载中
BEDTools
BEDTools
生物信息学

基因组区间运算工具集,区间交集/并集/差集计算标准

M
MultiQC
生物信息学

多工具质控汇总报告生成器,一站式NGS质控总览

T
Trimmomatic
生物信息学

Illumina测序数据接头去除与质量修剪工具

FastQC
FastQC
生物信息学

高通量测序数据质控工具,NGS分析流程的第一步

Seurat
Seurat
生物信息学

R语言单细胞组学分析工具包,最流行的scRNA-Seq分析框架

Scanpy
Scanpy
生物信息学

Python单细胞组学分析框架,百万级细胞规模的scRNA-Seq分析

Cell Ranger
Cell Ranger
生物信息学

10x Genomics单细胞RNA-Seq数据处理管道,scRNA-Seq标准流程

S
Snakemake
生物信息学

Python工作流引擎,Makefile风格规则定义分析Pipeline

N
Nextflow
生物信息学

生物信息学工作流引擎,支持容器化和云计算的Pipeline平台

MEGA
MEGA
生物信息学

综合分子进化分析软件,图形化界面的系统发育研究工具

SPAdes
SPAdes
生物信息学

de Bruijn图基因组组装工具,微生物基因组组装首选

B
BCFtools
生物信息学

VCF/BCF变异处理工具集,变异分析pipeline标准组件

DeepVariant
DeepVariant
生物信息学

Google深度学习变异检测工具,图像分类范式高精度calling

G
GATK
生物信息学

Broad基因组分析工具包,变异检测的行业标准

H
HISAT2
生物信息学

层级索引RNA-Seq比对工具,低内存高精度剪接感知比对

STAR
STAR
生物信息学

高速剪接感知RNA-Seq比对工具,ENCODE标准流程组件

BWA
BWA
生物信息学

Burrows-Wheeler短读长比对工具,NGS标准比对软件

I
IGV
生物信息学

高性能基因组可视化工具,测序数据交互式查看标准

Galaxy Project
Galaxy Project
生物信息学

开源在线生物信息学分析平台,图形化界面无代码分析

MUSCLE
MUSCLE
生物信息学

高精度多序列比对工具,迭代优化策略平衡精度与速度

M
MAFFT
生物信息学

快速多序列比对工具,FFT算法加速的大规模序列比对

Clustal Omega
Clustal Omega
生物信息学

EBI多序列比对工具,大规模序列快速比对平台

HMMER
HMMER
生物信息学

基于HMM的蛋白质序列同源搜索,远程同源检测利器

BLAST
BLAST
生物信息学

NCBI序列同源搜索工具,分子生物学最基础的比对工具