📁生物信息学 / 测序分析工具(27 个工具)

iDEP
iDEP
测序分析工具

Shiny RNA-Seq在线分析,差异表达+富集一体化

FastTree
FastTree
测序分析工具

快速近似最大似然系统发育树构建工具,千序列数分钟完成

B
Bowtie2
测序分析工具

FM索引快速短读长比对工具,ChIP-Seq/RNA-Seq常用比对器

BEDTools
BEDTools
测序分析工具

基因组区间运算工具集,区间交集/并集/差集计算标准

M
MultiQC
测序分析工具

多工具质控汇总报告生成器,一站式NGS质控总览

T
Trimmomatic
测序分析工具

Illumina测序数据接头去除与质量修剪工具

FastQC
FastQC
测序分析工具

高通量测序数据质控工具,NGS分析流程的第一步

Seurat
Seurat
测序分析工具

R语言单细胞组学分析工具包,最流行的scRNA-Seq分析框架

Scanpy
Scanpy
测序分析工具

Python单细胞组学分析框架,百万级细胞规模的scRNA-Seq分析

Cell Ranger
Cell Ranger
测序分析工具

10x Genomics单细胞RNA-Seq数据处理管道,scRNA-Seq标准流程

S
Snakemake
测序分析工具

Python工作流引擎,Makefile风格规则定义分析Pipeline

N
Nextflow
测序分析工具

生物信息学工作流引擎,支持容器化和云计算的Pipeline平台

MEGA
MEGA
测序分析工具

综合分子进化分析软件,图形化界面的系统发育研究工具

SPAdes
SPAdes
测序分析工具

de Bruijn图基因组组装工具,微生物基因组组装首选

B
BCFtools
测序分析工具

VCF/BCF变异处理工具集,变异分析pipeline标准组件

DeepVariant
DeepVariant
测序分析工具

Google深度学习变异检测工具,图像分类范式高精度calling

G
GATK
测序分析工具

Broad基因组分析工具包,变异检测的行业标准

H
HISAT2
测序分析工具

层级索引RNA-Seq比对工具,低内存高精度剪接感知比对

STAR
STAR
测序分析工具

高速剪接感知RNA-Seq比对工具,ENCODE标准流程组件

BWA
BWA
测序分析工具

Burrows-Wheeler短读长比对工具,NGS标准比对软件

I
IGV
测序分析工具

高性能基因组可视化工具,测序数据交互式查看标准

Galaxy Project
Galaxy Project
测序分析工具

开源在线生物信息学分析平台,图形化界面无代码分析

MUSCLE
MUSCLE
测序分析工具

高精度多序列比对工具,迭代优化策略平衡精度与速度

M
MAFFT
测序分析工具

快速多序列比对工具,FFT算法加速的大规模序列比对

Clustal Omega
Clustal Omega
测序分析工具

EBI多序列比对工具,大规模序列快速比对平台

HMMER
HMMER
测序分析工具

基于HMM的蛋白质序列同源搜索,远程同源检测利器

BLAST
BLAST
测序分析工具

NCBI序列同源搜索工具,分子生物学最基础的比对工具